箱コンがうまく動かない理由は多分だけど、海賊無双3がコントローラをXinputとして認識していないから。
どうしても箱コンでプレイしたいって時は下を実施。

ここからXinput plus(4.14.3)をダウンロード。
ttps://sites.google.com/site/0dd14lab/xinput-plus

デスクトップに適当なフォルダを作ってそん中で解凍する。

XInputPlus.exeを起動して、選択ボタンを押す。
→海賊無双3の実行ファイル(exe)を指定する。

設定→DirectInputタブを開いて、DirectInputを有効にする的なチェックを入れる。
→カスタマイズボタンが押せるようになるから押す。

こんな感じで設定する。
Left Stick-X = X_Axis
Left Stick-Y = Y_Axis
Right Stick-X = Z_Axis
Right Stick-Y = Z_Rot
LT = Button 7
RT = Button 8
DPAD Up = POV_Up
DPAD Right = POV_Right
DPAD Down = POV_Down
DPAD Left = POV_Left
A = Button 3
B = Button 4
X = Button 1
Y = Button 2
LB = Button 5
RB = Button 6
BACK = Button 11
START = Button 12
LS Button = Button 9
RS Button = Button 10
設定出来たらOKを押す。

画面右上の3本線の入った四角ボタンを押して、設定ファイルだけ反映する。
→XinputPlus.iniがインストールフォルダに作成される。

XInput Plus Loaderを起動、ショートカット作成にチェックを入れて海賊無双3の実行ファイルをウィンドウにドロップ。
→デスクトップにショートカットが作成される。

ショートカットからゲームを起動。
起動時にポーンみたいな音が聞こえたら成功。
ちゃんとstartボタンでムービーとかも飛ばせるようになってるはず。