「殿」は字からわかるとおり偉い人が住む館のこと
日本では古来から館の呼び名を貴人の尊称としてよく使う
「御所」とか「屋形」とか

戦国時代だと「主君」に対して使う言葉だな
大名クラスだと「お屋形様」って呼ばれるケースのほうが多かったんじゃないかねえ
主君の官位や立場や風習で色々あったろうけど

ただし武家の場合、「鎌倉殿」「室町殿」って特別な呼び名があるのでそれは別格

ちなみに大名や旗本に使う言葉として一般化したのは江戸時代