っていうか、会って話したのは本当に「柳瀬唯夫首相秘書官」だったのかな？
官邸で面会というならば、どちらかというと国家戦略特区担当の
「藤原豊内閣審議官」の方が政府・愛媛県共に適切なような気がするんだが？

（ダイヤモンド・オンライン）
http://diamond.jp/articles/-/131006?page=3

藤原さんは、前川さんとは別の意味で毀誉褒貶のある人だが、信念の官僚。
特区を活用して岩盤規制に斬り込みたいと真剣に思い、実行した。
だが、安倍首相主導という政策ゆえに、かかる期待もまた大きかったのだろう。
上司から、“血を吐くまでやれ”と檄を飛ばされていたほどだ。
加計の獣医学部の背景は別として、藤原さんは、獣医学部の新設は必要と考えていたし、
10年近く検討課題にされ続けていた案件を、機に乗じてまとめたいと考えるのは、
仕事ができる官僚なら当然のことだ」（内閣府の官僚）
今回の過程で起きた、獣医師会の意を受けた農水省と文科省、そして厚労省の引け腰も、
役所の縦割り行政を否定する藤原にとっては、許しがたいことだったのかもしれない。

こんな人だから、今治市に限らず特区申請については「総理（首相）案件」といって
発破をかけていたことは十分あり得る話。
どこかの時点で愛媛県担当が勘違いをしたか、時間経過に伴い「首相秘書官」が言ったと
思い込んでしまったのか。
上記はあくまで推測ではあるが、特区申請において一番のキーマン（藤原審議官）の話が
全く出てこないというのも妙に気になったわけで・・・