日本国憲法の制度においては、宗教団体は、国から特権を受けることおよび政治上の権力を行使することを禁止され（日本国憲法20条1項）、
国およびその機関は、宗教教育その他の宗教的活動をすることを禁止されている（日本国憲法20条3項）。
さらに、公金その他の公の財産を宗教上の組織もしくは団体の使用・便益・維持のために支出することも許されない（日本国憲法89条）。

なお、政教分離の原則は、政治（活動）と宗教の分離を意味しない。
信仰に基づいて政治活動をすることも、宗教団体が政治的表現活動をすることも妨げられない。