まず音を聞いて敵の接近に気づけ無いことにはどうしようもないので最低限イヤホンを使用する
拠点は3階建て以上にしておけば不意にやられることはないので後は打ち勝つのみ
他には拠点にトラップ設置しておくとか、攻めて来てるのが分かるなら更に階を積み重ねるとか？
対策っていうよりは経験だな
逆に自分が敵拠点を積極的に攻めてみれば、対策も自ずと見えてくる