簡単にいうと仮想通貨は雑所得扱いなので、毎年ごとに計算します。

B社コインが0円になったのが2年前ならば、今年の利確分とは相殺はできません。
2年前なら他に利益があれば相殺できました。
まあ「いつ0円になったか」は議論があるとこだと思います。
ウォレットには長らく表示されていたのに今年消えたなら、「今年0円になった」と
見ることもできなくはないですが、それを実質的な時期とするのは合理性がない場合があります。

なので現況ではA社コインの取得価格である100万円が基準となるので、
売却時に100万円以上であれば課税対象です。