「超人X」は、超人と呼ばれる人物たちが存在する世界を舞台にした異能バトルアクション。町にはびこる悪党を退治する活動を続けていた高校生の黒原トキオとその友人・東アヅマは、ある日女性に言い寄っていた男たちを成敗する。その後、退治したはずの男が2人の前に再度現れ……。