自宅から会社までの距離でクルマ通勤での非課税枠が決まっており、いくらガソリン価格が高くなっても上記の枠を超えると超えた部分には源泉所得税かかる。
会社の営業車や幹部のセダン（法人名義の車）などで通勤し、ガソリンスタンド用のクレジットカード（ETCカードも）が渡されてるなら関係ないけど。