オープン時/クローズ時の騒音の耳への届き方とかエアの巻き込みとかで体感が異なるかもしれんが、
構造的な剛性が変わることはない。
クローズ時には微振動が無いのであれば、駆動系/ボディに異常は無いだろう

オープン時のみに微振動が出るのだとすればルーフの立て付けに微妙なガタが出て
バタついてるのかもしれん
実走行時にしか症状が確認できない振動は原因の特定が厄介なので、時間と労力が
必要となるだろうけど、原因の対処が分かったらぜひ共有して欲しいと思う