ありがとうございます。その部分ですね

カウンターシャフト自体はバラしてないんで寸法は大丈夫です
現状クラッチハウジングとミッションハウジングがぴったりと閉じた状態でこんな感じです
http://i.imgur.com/QZuYenH.jpg

スナップリングは広がった状態で、あと数ミリばかし上にカウンターシャフトを持ち上がれば...といった感じです
持ってる工具でここからシャフトを持ち上げようとしましたが自分では出来ず...

メインシャフトとカウンターシャフトのギヤの高さが異なるので、シムを付けずに組んでしまったのでしょうか
http://i.imgur.com/O03JKkD.png

自分の持っているマニュアルではカウンターシャフトとベアリングの間(3枚目の青矢印部分)にシムを入れてないのでシムなしで組んだのですが、型番で微妙にパーツが違う＆シャフトを外した際に無くしてしまったとか...
http://i.imgur.com/ZIXZFCN.jpg

お持ちのマニュアルではシムを入れる指定がありますか？
もしくは1枚目の状態からシャフトを持ち上げる方法などが有れば…