日本は法治国家であって
人治国家ではないので
法に基づいて判断するのなら何の問題もない

総理はその判断した法、もちろん法律でなくてもいい
を明文化しないといけない

学術会議は今後その法に合わせて推薦者を決めていけばいい
(当然上位法令の問題はある)

もしそこに法がなく、総理個人の感情で決めているのなら
日本は法治国家ではなく
北朝鮮と同じ人治国家ということになる