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菅は「世代交代」「脱派閥」を自身のスローガンにしてきたこともあり、自民党内では長く異端児扱いされてきた。
元首相の森喜朗らベテラン議員にも早期引退を公然と迫るなどしてきたため、特に古株からは嫌われてきた。

所属する派閥を次々と変え、仕える主人を乗り換えてきたことから、いつしか「裏切りの菅」「渡り鳥の男」と陰口を叩かれるようにもなった。