宇宙少女が母星に還るかどうかは物語の主題じゃない
行き場を無くした人類の行く末を暗示した存在だし
そもそも必死にコンタクトを取ろうとしている地球外生命体の存在が見えないのは
各々が囚われている利己的な自我に縛られて現実から目を背けている事への悲哀と皮肉

断絶することによって自我を保持しようとした恭ちゃんが最終的に痛みを伴ってでも社会(他者)と向き合って自らが希望の種となる決意をしたのかはたまた自らが篭るシェルターにしただけなのか？

さあ貴方ならどっち？