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宇宙世紀0079——スペースコロニー“サイド３”はジオン公国を名乗り、地球連邦に独立戦争を挑んできた。人類の半数以上を死に至らしめた戦争は、今や膠着状態に陥っていた。
そんな状況下で連邦側のコロニー“サイド７”に怪しい動きを察知したジオン公国軍のシャア・アズナブル少佐は、モビルスーツ“ザク”３機を偵察に差しむける。
連邦軍はそこで“ガンダム”を中心とする新鋭モビルスーツの開発と運用テストを行っていたのだ。興奮した新兵のジーンは軍功を焦って暴走し、独断で砲撃を開始した。
サイド７の少年アムロ・レイは、他の民間人ともども戦火に巻き込まれてしまうが、そこで父の開発するガンダムのマニュアルを偶然拾う。
隣人のフラウ・ボゥの家族たちが一瞬で死に至ったのを見たアムロは、ガンダムの操縦席に乗りこんで起動する！ガンダムでザクに立ち向かったアムロは、まったくの素人ながらビーム・サーベルで２機のザクを破壊することに成功。
だが、シャアはムサイ艦からミサイルを発射し、サイド７を破壊し続けるのであった。