どっかの映画でそういう表現があったという質問なのだが、映画のストーリー的にはある人物を恨んで（have it in）いそうな人物を指してhave it outが使われていたという流れ。
have it outはhave it inの意味だなんて彼からも聞いた事ない、なんててロンドンっ子がいたりして
https://forum.wordreference.com/threads/have-it-out-for-someone.2190474/

outを使った方が攻撃的な表現になるんじゃないかな的な解釈の人も（やはりoutに負かす意味がある為か？）
Possibly the non-standard use of out rather than in is meant to evoke the violent overtones of the expression have it out with (meaning have a fight with).

ネイティブでも意味に関して議論や推測を初めているということは
これは辞書に収録される様な類のイディオムというよりは
「やめれ」とか「稀によくある」的な何かなのだろう…