伝承の儀が終わったらいなくなる→オトモンではなくモンスターとなる→絆遺伝子はオトモンの能力であってモンスターとしての能力ではない→生存に関しては戦闘の経験、群れでの生活、餌の取り方以外は影響しない
って感じ強引に解釈してる

密猟云々はアニメで大半が撃退止まりだったこととギルドを介しての依頼で捕獲をしてたこととゲームで倒したあとに帰巣することを考えると全部が全部を殺しているわけではないと思う(素材の出処が謎だけど)