自分も同じ症状で困ったことある
steamのキー割り当てでコントローラのボタンにキーボードのキーが当てられているため、コントローラ入力がキーボード入力としてゲーム側に認識されていたのが原因だった
steamのコントローラ割り当て設定を確認してみるべし