どちらもオンボード前提だとした場合、
リアパネルのUSBはマザーボードに直接挿します。
また、マザーボードのノイズが乗る場合があります。

フロントパネルのUSBはマザーボードに直接射しません。
更に、フロントパネルからマザーボードにケーブルが伸びているのでマザーボード以外のノイズが乗る場合があります。