ドライブレターの変更とかドキュメントフォルダの変更とかが影響してるとか？

俺の場合マイドキュメントはDドライブに設定してるけどCドライブの方に
　C:\Users\******\Documents\My Games\Binding of Isaac Afterbirth+\options.ini
にあるね

Steamクラウド関係をオンオフしてみるとかは？