バニラ環境とMOD環境の切り替えはこういうバッチファイルを作成して1クリックで行っている
https://i.imgur.com/HwFyFak.jpg

バニラ環境に正しく戻っているかの確認は
MOD入れる前にこういうバニラのファイル一覧（サブフォルダ内も含む）を作って保存しておき
https://i.imgur.com/ep6wauB.jpg
確認したいとき同じようにファイル一覧を作ってそれと比較している
この作業はファイルの一覧を作るためのツールと比較のためのツールが必要
（自分の場合ファイル一覧作成は自作ツールで比較はマイクロソフトの開発者向けWinDiffを使ってる）

新しいMODを追加し安定して動くことを確認したらMOD関連のファイル
（一番上の画像の例では環境変数 FOLDER_MOD_SHELTER のフォルダ）
のバックアップを取ってる
バニラ環境も容量が大きいけどできればバックアップを取っておくと安心

バニラのファイルを上書きするものはModsフォルダに入れておけばいいから
それを守っておけば基本的にファイルやフォルダの移動だけで環境を切り替えられる