ネムをコインチェックとZaifでそれぞれ違う単価で1000枚ずつ買って、Zaifでだけ1000枚売ったとします。

この場合の平均取得単価は、Zaifでのそれなのか、コインチェックのも含んだものなのか分かりません。

Zaifで買ったのをZaifで売ったからZaifでの取得単価が適応されると思いますがどうですか？