エヴァって第一話の時点でゲンドーが「シンジ、罪なき人々の為に戦ってくれてありがとう。シンジが父さんを嫌いでも私はシンジを誇りに思うぞ」
とでも言ってやれば８割は解決したんじゃないスかね？