そこは捉え方次第じゃないかな
邪神は飽くまで本能で行動して移動してるに過ぎず
邪神と一体になれる主人公も健在なわけで
邪神の羽化で今よりさらに理想的な世界へ人類をジャニーさせてくれるかもしれないし
あるいはブラックホールにジャニーして素粒子レベルに粉砕かもしれない