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 元知事による埋め立て承認手続きを検証した第三者委員会は防衛局がジュゴンの食み跡を認識しながら「辺野古地域を恒常的には
利用していない」と評価していることに対し、「当該水域の重要性や、ジュゴンの貴重性を理解しておらず問題がある」と指摘した。
当時から環境保全への対応が不十分だったのである。
 留意事項で設置された「環境監視等委員会」は本来の役割を果たしていない。ジュゴンがいなくなったことに、
防衛局は工事の影響ではないと説明するが、副委員長を務め辞任した故東清二琉球大名誉教授は「ジュゴンの食
草である海藻の分布と密度、何頭いるかなどの調査を依頼したが、何も調べない」と委員会の内情を暴露し、批判した。

 日本自然保護協会も安倍晋三首相あての「埋め立て工事の即時中断を求める意見書」を発表した。政府は工事を
ストップした上で、範囲を沖縄本島全域や離島にまで広げて追跡調査すべきである。