つまり自然な流れとして物語を作ったらこうなる

ゲートが閉まる＝閉鎖中は外部とのあらゆる通信不可という設定にする
（長官は情報漏洩を防止するためにゲートを閉じたということになる）

完全な潜入（戦闘無しで盗み出す）はしない、つまり陽動で戦闘状態になってゲートが閉まることが前提の作戦なら
まずデータ奪取作戦に協力するよう白装束の女とかあのインスマス面の提督とかにメッセージを残しておいて
戦闘が始まったら増援が来ることを祈る
（そもそも同盟の降伏が決定されたなら設計図盗んでも仕方ないし、自分たちの行動に同盟がついてくるかどうかが最大の賭け）

同盟の一部が作戦に賛同しゲート破壊に協力、ゲートが無事破壊されたが
データ容量が大きくて手持ちの携帯通信機器じゃ無理なのが発覚→乗ってきた船にも帰れそうにない・船消滅した
って理由で上に登ってアンテナからデータ送信

これが一番自然な流れでしょ
同盟にゲート破壊してくれって伝えるために何人か死んだんだけど、これ登場人物殺すためにこんな回り道させたんじゃないか？

提督も「スカリフでなんか戦闘やってる」ってだけの情報で飛び出したことになってしまい違和感まみれ
作戦目標も無いから何しに行くか、なんのために行くのかわからない野次馬状態