学校教育法3条
 学校を設置しようとする者は、・・・文部科学大臣の定める設備、編制その他に関する設置基準に従い、これを設置しなければならない。

@閣議決定はあくまで内閣の方針であって法規範性はありません。閣議決定に基づいて文科大臣が設置基準を変更したというのならともかく、 
そうでないのなら、石破4条件に違反しようがしまいが、加計学園獣医学部設置の有効性には影響しません。

A閣議決定に従わずに文科省が設置認可したというのなら、内閣不一致を理由に政府を追及することは可能。
しかし、内閣が新たな閣議決定によって、文科省の設置認可決定を追認するのであれば、内閣不一致の問題はなくなりますね。
いずれにしても、学部設置認可に法的瑕疵はありません。