公職選挙法は、開票所ごとに全投票箱を回収後、作業を始めると定めている。
松山市選管によると、瀬戸内海にある興居（ごご）島（愛媛１区、当日有権者数１１５１人）、忽那（くつな）諸島（同２区、同３７０３人）は投票終了時刻を２２日午後４時に繰り上げたが、定期船が欠航。投票箱を回収できず、１区の全域と２区の一部の開票作業を２３日午前に延期すると決めた。
沖縄県でも、うるま市（沖縄３区）、南城市（同４区）、座間味村（同１区）の計四つの離島から投票箱の一部を運べなかった。３市村とも２３日午後１時から開票する予定。
愛媛県八幡浜市（愛媛４区）、愛知県西尾市（愛知１２区）、山口県萩市（山口３区）、佐賀県唐津市（佐賀２区）、宮崎県延岡市（宮崎２区）でも離島の投票箱を回収できなかった。
兵庫県では篠山市（兵庫５区）の開票所が台風の影響で停電。投票用紙の計数機などが使えなくなり、開票作業を２３日午前９時からに延期した。三重県伊勢市と鳥羽市（いずれも三重４区）でも開票所までの道路が冠水するなどしたため、２３日午前に変更した。これらの地域を含む選挙区、比例区の開票結果の確定も２３日以降になる。
投票開始の遅れや終了時刻の繰り上げもあった。高知県いの町では土砂崩れで開始が１９分遅れた。兵庫県豊岡市は市内全域の投票を午後４時で打ち切り、和歌山県や徳島県などでも一部で投票終了時刻を早めた。
総務省によると、１７日時点で投票日を繰り上げる投票所は全国の離島地域７５カ所の予定だったが、台風の影響で増加。２０日時点の把握分で１０９カ所に広がっていた。
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