結局、内閣府の責任として
「安倍首相が主導する戦略特区制度と規制改革を早く進めたいから期限を守れ」と
文科省側に伝えてるだけなんじゃないかと

http://i.imgur.com/eapRHf9.jpg
https://mainichi.jp/articles/20170517/k00/00e/040/243000c?inb=ys
「平成30年4月開学を大前提に、逆算して最短のスケジュールを作成し、共有いただきたい」
「これは官邸の最高レベルが言っていること」と早期の開学を促す記述があった。

「設置の時期については(中略)『最短距離で規制改革』を前提としたプロセスを踏んでいる状況であり、これは総理のご意向だと聞いている」と書かれていた。

また、この文書には「国家戦略特区諮問会議決定という形にすれば、総理が議長なので、総理からの指示に見えるのではないか。
平成30年4月開学に向け、11月上中旬には本件を諮問会議にかける必要あり」との記載もあった。