そもそもタッチパネルでマルチウインドウは操作性に無理があると思う
一画面一アプリで複数アプリをアプリスイッチャーで切り替えるのが精々だと思う
直感的に触れば使えるのがiPadの良さなのに複雑にしてどうする？
マルチウインドウ使いたかったらMac使えばいい話