写真アプリで画像の編集をした場合、オリジナルと編集後の写真の二枚が保存されているわけではありません。
オリジナル写真と、それに施した編集内容を記録したAAEファイルと呼ばれるものを保存しています。
ですから、PCへ転送後、AAEファイル分、ファイル数が増えますが、あなたが想像する画像を二重で保存をしているわけではなく、画像枚数の増加理由にもあたりません。
編集後の写真だけがあれば良いのなら、写真アプリ以外の画像編集アプリを利用し、写真へ保存し、オリジナルを削除すれば、望まれている結果になります。
これ以外にPC転送後に写真枚数が増える原因がいくつかあります。
・バースト写真（連続撮影した複数枚の写真に分離）
・Live Photos （写真と動画に分離）
・ポートレート撮影（通常撮影写真とボケ写真に分離）
iPhone上では一つのもののように見えますが、PCへ転送するとカッコ内に示した実態ファイルとして現れます。
これらの機能を使用しなければ、写真枚数増加を回避する一つの方法になります。
