アプリ.ipaをリネームしてアプリ.zipにする
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7zipなどのソフトを使ってアプリ.zipを開く(展開はせず開くだけ)
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iTunesMetadata.plistというファイルがあるのでコピーする
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コピーしたiTunesMetadata.plistをテキストエディタで開き
<key>softwareVersionExternalIdentifier</key>
<integer>バージョン識別の数値</integer>
という箇所を削除 or コメントアウトして保存
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アプリ.zipを開き、書き換えたiTunesMetadata.plistを追加して上書きする
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アプリ.zipをリネームしてアプリ.ipaに戻す
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iPhone/iPadにアプリ.ipaをインストール