今カプコンのウェブで確認したら

セーブデータを移行する3DS本体とSwitch本体の組み合わせを変更しないのであれば、連携を解除する必要はなく、セーブデータの移行も何度でも行えますので、使用する3DS本体とSwitch本体がそれぞれ1台ずつの場合は、連携を解除しないようご注意ください。

と書いてあった。
なので大丈夫なのかな？