セーブデータ（ワールドデータ含め）のファイル保存に問題があってちゃんと保存されてないんだろう
MOD自体の問題じゃなくパソコンのOSの問題なんじゃね。
状況や環境が雑すぎて詳細なんもわからんからテキトーな推測しかできんけど

どうせセキュリティソフトが悪さしてたりOSの管理者権限がおかしな事になってるじゃね