俺が持ってるのは初期のWin95/98対応エターナルだけど特に何もせずイース2が起動出来る様になってたわ
OSはWin10 1909
前は起動できなかったけどWin10のバージョンによっても下位互換性が変わってんだな

ただしIndeoコーデック有効化してないからNEW GAME選ぶとOPムービーでコケるので
ys2_cnf.exe でムービー再生オフにしとけばNEW GAMEでムービースキップして始められる
どうしてもムービー見たいならIndeoコーデックをシステムに登録(レジストリ弄るので自己責任で)
ttps://wolfish.org/blog/p2008111901/

起動すらしないならとりあえず試しに互換性モード設定をXPとか95とかにしてみれば?
窓化ツールで起動できるって話も聞いた事あるしとりあえず色々試せば良いんじゃないかな
窓化ツールごときでシステム壊れるわけじゃないんだし