海洋地殻はマントル由来の成分で重いので海底を押し上げることはできないな
大陸地殻がマントル内に引き込まれて陸地が減るということはあるが
これは大陸同士の衝突による数千万年スパンでの出来事

まあつくみずが地球物理に詳しいとは限らないので詳しい設定は考えておらんだろう
陸地がほとんど水没した世界というのはSFでよくある舞台だし