まあ旧設定の「元はそれぞれ違う学校（BC学園・自由学園）が合併した学園艦で古くから対立している」を映像で説明するのは難しいし、
その垣根を越えてあっさり共闘させるのも変だから「中学推薦組と高校受験組で仲が悪い（ふり）」という分かりやすい設定にしたんだろうね