今思えばゆいちゃん不在の理由は6月のアミューズ株式総会で読み取れてた

質問:BABYMETAL YUIMETAL 水野由結はまたステージに、三人に戻るのか？??

回答:??否定も肯定もしません??

体調不良が理由なら、よくなり次第復帰します、と回答するはず。体調が順調に回復しているとも答えているし重病説はない。
あえて、否定も肯定もしないという曖昧な表現を使ったことからも、脱退の可能性を示唆しているし、本人のヤル気の有無が原因だったと読み取れる。