自分の車で前ルームランプから雨漏りした時は、ウィンドウガラスの上部の車体側が錆びていたため雨漏りしました。。
修理はガラスを一旦外して、車体側の錆びを落として再塗装後にガラスをはめました。費用は約10万円でした。
一応参考までに。