おっ同じケースの人かな？
ニコニコ漫画での話だけどfilzaなりifileなりで
var/mobile/containers/bundle/application/
の中にある該当アプリのフォルダを開いて、さらに.appのフォルダの中まで行く
そしたらinfo.plistファイルの中にあるCFBundleVersionとCFBundleShortVersionStringの部分を最新バージョンの数値に書き換える
最新バージョンはapp storeで下まで行けば見れるよ
もし漫画だったら現行バージョンは1.5.0
保存して終わり
これで例のアラートは消えるよ
注意点があるとしたら間違えた値を片方に入れてアプリ起動すると、その後アプリが起動しなくなって再インスコしなくちゃならなくなることくらい

まぁ別のアプリとかだと２つが違う値で片方が不規則だったりで難しかったりするけど、数値さえ知れればなんとかなる
長々とごめんよ、あと間違ってたら指摘してくれ