運転区間はJR御坊から西御坊の全区間で、JR御坊20時38分発、西御坊20時46分着が最終になるが、12月31日当日はその後、21時00分に西御坊を発車し、21時10分にJR御坊に到着。その後21時30分にJR御坊を発車して、21時40分に西御坊に到着を繰り返す。
西御坊発は毎時00分、JR御坊発は毎時30分を繰り返し、翌日6時台は6時00分に西御坊を発車、6時08分にJR御坊到着後、6時15分に折返しで発車し6時23分に西御坊到着後、従来の6時30分の始発に合わせる。
終夜運転は紀州鉄道線のみで、JRきのくに線は終夜運転を行わないため、御坊駅での乗り換えはない。
また、流山市の隅っこを走る流鉄は新型コロナウイルス感染拡大防止と利用客激減のため、12月31日は流山発馬橋行き、馬橋発流山行きともに20時45分の列車で運転を打ち切り、翌1月1日は流山発、馬橋発とも7時00分を始発とすることが発表された。
